Nel settembre del 1939 divampa la II Guerra Mondiale, subito Inghilterra e Francia chiedono al Belgio di unirsi a loro contro la Germania, ma Leopoldo ed il suo governo rifiutano preferendo la neutralità. Il 10 maggio 1940 però, Hitler invade il piccolo stato e nonostante i febbrili preparativi difensivi degli anni precedenti, l'esercito belga è rapidamente messo in ginocchio dalla formidabile macchina bellica tedesca, dando comunque un pò di tempo agli Alleati per evacuare Dunkirk, grazie ad una disperata resistenza.
Arrivati a questo punto, il Governo belga entra in contrasto con il Re, dato che quest'ultimo voleva rimanere nel suo paese qualunque cosa sarebbe accaduta, mentre il Governo insisteva per andare in esilio in un altro paese; nell'ultimo incontro avuto con i suoi ministri, il 24 maggio, Leopoldo ribadiva la sua posizione e subito dopo il governo lasciava il paese prima per Parigi e poi per Londra.
Prima di partire, il Primo Ministro dell'epoca, Hubert Pierlot, insistette con il sovrano che la decisione di siglare la resa spettasse solo al governo e non al Re, come da dettato costituzionale; ma Leopoldo il 27 maggio del 1940, decise personalmente la capitolazione dell'esercito belga nelle mani dei tedeschi. Pierlot emise subito un durissimo comunicato alla radio francese, nel quale ribadiva come il Re avesse violato la costituzione, e pertanto secondo il governo in esilio, diveniva da quel momento incapacitato a regnare (ma su questo torneremo in seguito....)
Ecco una foto di Leopoldo all'epoca della II Guerra Mondiale, vestito con l'uniforme:
E per completezza, ecco una foto della sorella di Leopoldo; Maria Josè, l'ultima regina d'Italia:
Si può dire che la scelta di Leopoldo III fu quantomeno controversa, ed anche se dettata da motivi di coraggio (la volontà di non abbandonare il suo esercito ed il suo paese) e di necessità ( l'esercito belga era allo stremo, il Re fuggendo rischiava di passare per disertore), si rivelerà funesta per il Belgio e per lui personalmente.